Fysiologisk botanik

Geners tillgänglighet regleras av kromatin-insulatorer

Hos djur finns speciella DNA-proteinkomplex, så kallade kromatin-insulatorer, som kan kontrollera hur tillgängliga generna är för att läsas av. Vi undersöker om det här sättet att reglera geners tillgänglighet också finns hos växter. Om det är så skulle det kunna förbättra möjligheterna att kontrollera aktiviteten på gener som man sätter in i växter.

För att DNAt i en cell ska få plats krävs det att det är organiserat i speciella strukturer. Den långa DNA-tråden är upplindad på proteiner som i sin tur är tätpackade och lindade igen. Men för att generna ska vara aktiva, det vill säga de ska kunna läsas av och ge upphov till proteiner, krävs en mindre tätpackad struktur. Genom att bestämma vilka delar av DNA som är som är tätpackat och vilka som inte är det kan cellen reglera vilka gener som ska vara aktiva.

Hos djur har man hittat speciella DNA-proteinkomplex som kallas kromatin-insultorer. De här komplexen styr vilka delar av DNA som ska öppnas upp så att generna i området blir tillgängliga. Vi vill ta reda på om det finns kromatin-insulatorer också hos växter och om de i så fall fungerar på samma sätt som hos djur.

Till det använder vi två experimentella metoder. Med den ena metoden har vi i växter satt in en gen som ger upphov till proteindelen av en kromatin-insulator. Genen kommer från ett djur och vi undersöker om den påverkar växtens utveckling. Om den gör det så vet vi dels att växter också kan reglera genaktivitet med kromatin-insulatorer, dels att kromatin-insulatorer från djur och växter fungerar på liknande sätt.

I den andra metoden håller vi på att ta fram en speciell genkonstruktion som vi kan använda för att identifiera DNA-områden som ingår i kromatin-insulatorer. DNA-områdena kan vi använda för att leta efter proteiner som binder till dem och sedan testa hur växtens kromatin-insulatorer fungerar.